Poble fronterer entre l'Empordà i el Vallespir, Agullana es troba dins la zona més occidental de la serra de l'Albera, que precisament s'acaba al coll de Lli, ja en el terme de la Vajol.
Travessat en direcció nord-oest/sud-est per la vall del Guilla i limitat a llevant pel curs del Llobregat, el terme d'Agullana té 27,39 km2, tot i que la conflictiva incorporació a l'Estat francès de 300m de territori a la zona del coll de Manrella ha retallat una mica aquesta extensió.
La vila d'Agullana és situada a la confluència del Guilla amb el torrent del Gou i té agregat el poble de l'Estrada i una quarentena de masies disperses. Limita al nord amb el Vallespir, concretament amb el terme de les Illes, a l'est amb el terme de la Jonquera, al sud amb el de Capmany, al sud-oest amb Darnius i a ponent amb la Vajol.
La zona nord és la més muntanyosa i està poblada de suredes, alzinars i algun bosc de castanyers en les zones més altes. La part més cap al sud i l'est és aquella en la qual hi ha la zona de conreus.
Terra de pas, Agullana té dins el seu terme dos colls importants: el de Portell, a l'extrem oriental, i el de Manrella, a l'oest. Entre aquests dos punts s'aixeca el puig Prunés, de 834 m d'alçària, el més alt del terme.
Comunicat per carreteres comarcals amb la Vajol i Darnius, un tram de 3 km de carretera l'uneix amb la N-II en el lloc de can Quartos, a 200 m de la sortida de la Joquera de l'autopista AP-7. L'obertura d'una nova carretera ha fet possible la comunicació directa amb el Vallespir a través del coll de Manrella.
